Una instalación de riego por goteo subterráneo no difiere mucho de la convencional, salvo que los laterales portagoteros se entierran y conectan a tuberías por sus dos extremos: una sirve de alimentación (terciaria) y la otra de colector para la limpieza de las tuberías. Existen equipos que entierran las tuberías laterales a las profundidades requeridas, que suelen ser:

Algodón.....................40 cm

Forrajeras...............30-40 cm

Praderas...................8-10 cm

Frutales y forestales......20 cm

Conviene incidir en algunos aspectos fundamentales para evitar los posibles problemas que se pueden presentar.

Las tuberías se entierran entre dos hileras de cultivo (salvo en el caso de los árboles, en que se colocan a unos 20 cm del tronco). Los cultivos deben ubicarse siempre en las mismas hileras, por lo que hay que dejar marcas en el terreno indicando el emplazamiento de las tuberías subterraneas.

Elección del emisor o tubería porta-goteros.  Siempre trabajamos con tuberías con gotero integrado en el interior de la misma, aunque se pueden emplear goteros pinchados. Es obvio decir que ha de ser un gotero fiable de la máxima calidad y con un diseño especifico que le haga resistente a las obturaciones por deposición de partículas en el laberinto del mismo, recomendamos laberintos de gran sección de paso que trabajen régimen turbulento. Es muy habitual el empleo de goteros autocompensantes.  Además hay líneas de goteros específicamente desarrollados para esta aplicación que incorporan algunos detalles en el diseño que mejoran su comportamiento, por ejemplo, dispositivos que impiden la entrada de raíces o partículas de suelo por succión. Es muy conveniente instalar goteros que han sido ensayados durante años en este tipo de aplicación sin problemas. Muy importante determinar la distancia adecuada entre emisores, buscando fundamentalmente una banda de humedad continua con emisores de bajo caudal.  En hortalizas es recomendable emplear emisores de 1 litro/hora, separados entre 20 y 30 cm. La ubicación y profundidad la necesaria para que la banda de humedad cubra bien el sistema radicular de las plantas. En cultivos leñosos la profundidad es mayor con distancias entre emisores de 50 cm a 1 m y caudales entre 2 y 3 litros/hora.  Es frecuente la instalación de dos líneas de emisores por línea de árboles, sobre todo en árboles de gran porte y/o suelos arenosos. 

Una cuestión fundamental en este sistema consiste en instalar un sistema de lavado de las tuberías portagoteros conectando los extremos de las mismas a una tubería que puede finalizar en una válvula de drenaje o en otra tubería de recogida del agua de lavado. También es indispensable, instalar una ventosa al inicio de la tubería terciaria, con esto en parcelas con pendiente más o menos pronunciada evitaremos que los goteros se obstruyan por efecto de la succión. 

La red general de distribución no tiene porque diferenciarse de una habitual, mientras que en el cabezal si debemos cuidar detalles como que el sistema de filtrado debe ser autolimpiante, con un control automático de lavado por diferencia de presión, volumen de agua regado, tiempo regado y la combinación de cualquiera de estos factores. Ajustado a la calidad del agua y a las características de los emisores, generalmente son filtros con paso 120 mesh para los goteros habituales. El numero de filtros se ajustará holgadamente según la calidad del agua de donde se deducirá la capacidad de cada unidad de filtrado. Si fuera necesario se debe tratar el agua previamente en el embalse contra la proliferación de algas. 

Es indispensable disponer de un caudalímetro en la red general para llevar un control de los caudales de riego habituales por sector o válvula y detectar posibles obstrucciones. 

Finalmente, es muy recomendable disponer de un sistema para el control de fertirrigación que permita trabajar son soluciones nutritivas en continuo en las que se controle el pH al nivel óptimo ( pH=6) a través de la dosificación de ácido nítrico, fosfórico o sulfúrico (excepcionalmente con aguas con un contenido en bicarbonatos muy elevado), con el fin de mejorar la asimilación de nutrientes por la planta y evitar precipitados calcáreos o de fertilizantes en los emisores. 

Los sistemas de fertirrigación que se están implantando actualmente disponen de 4 o más tanques donde se disuelven los fertilizantes habituales solubles, a una concentración establecida que oscila entre el 10 y el 15 %. A partir de estos tanques los equipos son capaces de combinar proporciones de cada fertilizante para dar lugar a una solución nutritiva determinada, este control se realiza a través de la conductividad eléctrica de la solución resultante o proporcionalmente al caudal que pasa.