Las obturaciones también pueden producirse por partículas muy finas que atraviesan los filtros y se van depositando en las conducciones y paso de los emisores formando partículas de mayor tamaño. Para prevenir esto, los filtros deben dimensionarse adecuadamente procurando que el diámetro de paso sea el adecuado. Si las obturaciones se producen por la entrada de partículas sólidas desde el exterior, la mejor prevención es evitar el contacto de la salida de los emisores con el suelo utilizando pinzas u otros elementos adecuados, instalando las tuberías con los orificios hacia arriba, colocando las tuberías y los emisores a una determinada altura, etc.

Un posible tratamiento de este tipo de obturaciones es la limpieza de la instalación con agua a presión, siempre que el diseño y las características del sistema de riego lo permitan. Además, deberá realizarse un mantenimiento periódico de limpieza en el sistema de filtrado para impedir el paso de partículas sólidas a la red de riego.

En las instalaciones que cuentan con emisores enterrados, se puede prevenir la entrada de raíces con la aplicación de herbicidas usando la propia red de riego. El uso de esta técnica debe ser controlado por personal especializado para determinar el tipo de herbicida, la dosis del mismo y las condiciones y método de aplicación. También existen en el mercado emisores impregnados de herbicida que van liberando la sustancia activa a lo largo del tiempo. En este mismo tipo de instalaciones, uno de los problemas más importantes es la succión de suciedad por los emisores al dejar de regar. Para esto no ocurra, la instalación debe dotarse de sistemas de inyección de aire a presión, que se activan en el momento de dejar regar, o elegir emisores que dispongan de dispositivos antisucción.