Si el agua de riego permanece estancada en las albercas, balsas o depósitos antes de pasar a la red de riego, se desarrollarán algas con facilidad gracias a las condiciones de reposo, iluminación, temperatura etc. Para prevenir la aparición de estas algas es conveniente cubrir el depósito con una malla de sombreo o tratar con algún alguicida si lo anterior no fuera posible. El sulfato de cobre, hipoclorito sódico o permanganato potásico se recomienda para este fin, frente a otros alguicidas que darán el mismo resultado aunque a mayor precio. Además, el permanganato potásico no deja residuos tóxicos en el agua de riego. El tratamiento preventivo con alguicida deberá hacerse cada vez que se renueve el agua, al menos una vez a la semana en verano y una vez al mes en invierno. Las dosis de alguicidas recomendadas son las que aparecen en la siguiente tabla.

El cloro disuelto en el agua actúa como un potente agente oxidante, que ataca vigorosamente a microorganismos tales como bacterias o algas, destruyendo la materia orgánica. Así, la cloración es una solución efectiva y económica al problema de obstrucción de los componentes de la instalación por acumulación de microorganismos.

La mejor medida de prevención de la aparición de algas y bacterias en la red de riego es la cloración del agua con hipoclorito sódico. Este tratamiento puede ser continuo o intermitente según el fin que se proponga. Si el objetivo es controlar el crecimiento biológico en filtros, tuberías y emisores, tratamientos intermitentes serán suficientes, pero si el agua es mas rica en hierro, la cloración deberá ser continua. Las tratamientos preventivos con hipoclorito sódico se deben hacer siempre antes de de la entrada de los filtros, para evitar el desarrollo de algas en el interior de los mismos: Habrá que tener especial precaución cuando el aporte de cloro se realice al regar cultivos sensibles a este elemento.

Si se detectan obturaciones en la red de riego por el desarrollo de microorganismos, el tratamiento con hipoclorito sódico será mas intenso, en cuyo caso se recomienda realizarlo cuando no haya cultivo. Si esto no fuera posible, tras el tratamiento es necesario realizar una aplicación importante de agua para diluir el cloro en el bulbo húmedo.

Es muy importante tener en cuenta que no pueden mezclarse los tratamientos con hipoclorito sódico con tratamientos con ácidos, porque el cloro se desprendería como gas, resultando muy venenoso.